Simone外源基因的分离、定点整合和表达
在现有的转基因鱼中，供体基因基本上都是来自哺乳类的BH基因rloI。根据生物本身的特性，大分子尤其是蛋白质分子在种属上均具有特异性。因此，在转基因研究中应尽量考虑供体和受体鱼之间的亲缘关系。加强主要养殖鱼类抗逆、抗病基因的分离工作。外源基因导人受精卵后，其整合率与基因操作技术有关，而整合率高低决定外源基因能否稳定遗传。此外，外源墓因能否在受体细胞中高效表达，启动子和增强子起很大的作用，特定基因的启动子其功能具有组织特异性，增强子具有种的特异性。如果能从鱼类的基因组中分离出合适的启动子，则可能会获得更有效的表达。
显微坦汪注射法
在鱼类基因转移中比其它方法导入的外源基因整合率要高，但工作量非常大，对于季节性产卵的鱼类，注射鱼卵数有限，且很多胚胎夭折，在存活的鱼苗中，相当一部分不能发生整合，为后续的筛选带来诸多不便。电脉冲法、精子携带法等高效转基因方法，整合率又非常低，更待进一步完善。检测外源摹因整合率一般均使用斑点杂交和Southern印迹法。这种方法需要很贵重的生物药品和酶类，且使用放射性同位素标记，代价高，耗时长，且有碍人体健康。如能凭借鱼苗早期 阶段的形态、花色等标记分出转基因鱼，及早淘汰非转基因鱼，将是转基因鱼研究的得力方法。
环境问题
转基因鱼进人大自然，对生做信枣态平衡将会造成不同程度的影响。许多科学家认为，转基因鱼的表型可能有3个方面改变，即生理节律性、对环境忍受力和行为。这些表型的改变必定破坏现有的良性生态平衡。此外，转基因鱼使用的纯拆启动子多为mMT，该启动子在许多运动组织中均诱发重金属离子的积累，人若长期食用这种转基因鱼，便会造成重金属中毒，这也必须予以重视。
筛选及品系建立
转墓因鱼研究的目的是要获得经济价值高的转基因鱼品系供生产应用。转基因鱼经过DNA水平、蛋白质水平以及宏观生长对比和生物学试验观察确定后，需要有一个快速建立优良品系的方法，通常所用的是单性发育方法。理论上，经过二代单性发育，优良的遗传性状即能固定下来，形成新品系。但实际工作并非如此简单，因为外源基因在受体鱼生殖细胞传递中，受到化学修饰，封闭基因的表达，及外源基因进入受体细胞后的甲基化问题等，都将影响转基因鱼品系的建立。
