Simone
在20世纪60年代，人们就注意到DNA在感染宿主后会被降解的现象，从而提出限制性内切酶的概念。
1968年，首次从emphasis：role=italicE.coli：emphasisK中分离到限制性内切酶，它有特定的识别位点但没有特定的切割位点，其中切割位点离识别位点达1000bp以上。1970年，美国约翰·霍布金斯大学的Smith偶然发现，流感嗜血杆菌（emphasis：role=italicHaemophilus：influenzaeemphasis）能迅速降解外源的噬菌体DNA，其细胞提取液可降解emphasis：role=italicE.coli：emphasisDNA，但不能降解自身DNA，从而找到emphasis：role=italicHinemphasisdⅡ限制性内切酶。
emphasis：role=italicHinemphasisdⅡ限制性内切酶位点和切割位点如下：：role=center5′-GTTC↓AGAC-3′：role=center3′-CAAG↑TCTG-5′从此以后，发现的限制性内切酶越来越多，并且许多已经在实践中得到应用。emphasis：role=italicEcoemphasisRI是应用最广泛的限制性内切酶，切割位点如下：：role=center5′G↓AATTC3′：role=center3′CTTAA↑G5′限制性内切酶的命名遵循一定的原则，主要依据来源而定，涉及宿主的种名、菌株号或生物型。
命名时，依次取宿主属名第一字母，种名头两个字母，菌株号，然后再加上序号（罗马数字）。如emphasis：role=italicHinemphasisd：Ⅲ限制性内切酶，emphasis：role=italicHinemphasis指来源于流感嗜血杆菌，d表示来自菌株Rd，Ⅲ表示序号。以前在限制性内切酶和修饰酶前加R或M，且菌株号和序号小写，但现在限制性内切酶名称中的R省略不写。1986年下半年发现615种限制酶和98种甲基化酶；1998年发现10000种细菌或古细菌中存在3000种酶，且有200多种特异性。到2005年1月，共发现4342种限制酶和甲基化酶，其中限制酶有3681种，包括I型、Ⅱ型、Ⅲ型限制酶各有59、3612、10种。I类限制性核酸内切酶：由3种不同亚基构成，兼具有修饰酶活性和依赖于ATP的限制性内切酶活性，它能识别和结合于特定的DNA序列位点，随机切断在识别位点以外的DNA序列，这类酶的作用需要Mgsuperscript2+superscript、S腺苷甲硫氨酸及ATP等的参与。
Ⅲ型限制与修饰系统的酶种类更少，所占比例不到1%，如emphasis：role=italicEcoemphasisP1和emphasis：role=italicEcoemphasisP15，它们的识别位点分别是AGACC和CAGCAG，切割位点则在下游2426bp处。在基因操作中，一般所说的限制酶或修饰酶，除非特指，均指Ⅱ型限制性核酸内切酶类。与I型限制性核酸内切酶相比，Ⅱ型限制性核酸内切酶的特点是其切割位点靠近识别序列，切割产生具有黏性末端或平末端的DNA片段。其基本特性为：在DNA分子双链的特异性识别部位，切割DNA分子产生链的断裂；2个单链断裂部位在DNA分子上的分布通常不是彼此相对的；断裂形成的DNA片段往往具有互补的单链延伸末端。
