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中国科学院新疆生态与地理研究所（XINJIANG INSTITUTE OF ECOLOGY AND GEOGRAPHY，CHINESE ACADEMY OF SCIENCES）成立于1998年7月7日，由中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和中国科学院新疆地理研究所（1965年成立）合并而成。
研究所重点培养新疆城镇生态建设与工矿区生态修复、干旱区污染修复与废弃物利用、干旱区生物多样性保育与流域生态农业模式、特殊功能基因发掘与新品种培育、新疆自然灾害预警与应急管理五个研究方向。
截至2014年底，研究所共有在职职工445人；建有1个国家重点实验室，1个中科院重点实验室；1个国家研究中心，1个中科院研究中心。
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