Simone
【背景故事】
克洛斯贝尔自治州。这个被埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国夹在中间，以大陆上数一数二的贸易和金融都市为地位发展起来的区域，因某个狂热宗教团体引起的事件经历了一次危机。黑帮集团之间的对抗，谜之药物"真知"（Gnosis）事件，这一系列的事件因"特务支援科"的活跃而得以平安化解，自治州再次迎来和平。在将与教团和黑帮有牵连的帝国派和共和国派议员一扫而空后，迎来新市长的克洛斯贝尔似乎前途一片光明。但是，这对于即将迎来激荡时代的塞姆利亚大陆来说，只不过是片刻的休息罢了。这是为"在同样的时代生存下去"的故事，以此送给想要"跨越壁障"的所有的人……
【游戏系统】
轨迹系列一直存在着的手帐设定，通过按△+方向键可以快速打开对应的不同的手帐的界面。
在搜查手帐中此可以看到自己各个章节任务的完成情况。其中包括任务目标和提示，认领了之后的支线任务也会在这里显示，并且任务期限和奖励一般都会在此注明。游戏中的各种关于导力器、导力魔法的组合方法、不同特殊结晶具有的效果和晶片数、核心结晶的核心魔法、升级搜查官等级会得到的奖励、有关于钓鱼和料理的基本方法在手帐中都有很明确的介绍。平时多看看搜查手帐相信会对玩家们攻关带来不小的帮助。
战斗手帐则是每个地图中所有可以遇到的和剧情遇到的敌人的数据。有关弱点属性和特殊效果无效，以及该敌人的介绍。需要使用情报侦查仪或者是技能后才能收集到手帐中。该项收集要素可以换取额外的奖励。
钓鱼手帐跟料理手帐则是有关于在特定地点钓到过的鱼的数据和通过和NPC对话习得的料理的资料。料理手册中还会注明哪名角色擅长该种料理，方便玩家们在做料理的时候不易失败。
【游戏操作】
键位系统（以手柄为例）：
游戏操作
非战斗情况下：
摇杆，十字键：人物移动(默认跑步模式)。
摇杆+X：走路模式。
△+↑：料理手册(料理菜单的确定，料理食物)
△+↓：钓鱼(鱼类手册以及钓鱼)
△+←：搜查手册(确认任务，游戏手册等)
△+→：战斗手册(查看战绩，各个地图已知怪物数据等)
O：对话，确认选项。地图模式下是缩放地图。
口：打开界面菜单。
X：快进，取消选项
L：切换队长
R：打开迷你地图。
START：打开世界地图。
△：button 1O:button 2X:button 3 口：button 4
【序章】
在教团事件中失势的哈特曼原议长和厄内斯特原秘书，在逃往帝国被驱逐之后，又潜逃到了共和国。获悉他们出现在数年前破获的旧教团据点，克洛斯贝尔方面与共和国方面进行了协调。由特勤支援科牵头，搜查科、警备队和游击士协会参与，组成了非正式行动小组，前往抓捕二人。
达德利搜查官、班宁斯、诺埃尔上士 、亚里欧斯四人来到遗迹，随即开始第一场战斗。第一场战斗主要是教学过程，别忘了用道具或者达德利搜查官的幻系辅助魔法，探查怪物的情报。进入旧据点后，给罗伊德和诺埃尔装备核心回路，会在后面的战斗开始后两回合有状态加成，得到的核心回路是xx和xx，攻击力和魔防上升。然后四人一起开始探索洞窟，用亚里欧斯开路比较好，他的地图攻击范围大，在地图上把魔兽打晕后可以秒杀。
这个迷宫以中心平台为界分为两大区域。 第一区域一开始向右走打开一个机关后，才能打开大门。 两大区域各有一个低级魔兽宝箱，比较轻松。第一区域的宝箱是省EP1的回路。到达中心平台之后，会追上厄内斯特原秘书和 哈特曼原议长 两人，原来 哈特曼原议长是被厄内斯特原秘书掳来的，秘书会召唤出两个魔导傀儡。这两个傀儡魔防不高，主要是直线形攻击，利用亚里欧斯的战技可以轻松取胜。
战胜之后，通道被震塌，小队被迫分头行动， 亚里欧斯和公务员先走一步，罗伊德和诺艾尔只能绕路前往最后的据点，罗伊德和诺艾尔学会合体技。。。第二区域也有一扇大门，需要向左走打开机关后才能打开。第一区域的宝箱是回路“毒之刃”。打开大门后到达了迷宫最深处，两人对战魔人厄内斯特第一形态，靠药和回复可以磨死他，很容易打；达德利和阿里奥斯赶来汇合，四人对战魔人第二形态，魔人的攻击属于面攻击，注意站位分散即可，也不难打。
魔人第三形态因药量不足而崩溃，罗伊德发动嘴炮神技，凯文神甫闪亮登场……最终，哈特曼原议长和厄内斯特原秘书双双归案，众人在阿尔泰尔市分手，罗伊德和诺艾尔回到克洛斯贝尔，新的特务支援科成员在车站到齐，罗伊德、诺艾尔、瓦吉、艾莉组成了新的特务调查科阵容，序章终结。
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