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台湾清华大学的前身为1911年在北京设立的清华学堂，1925年设立大学部，在抗日战争期间，西迁至云南昆明，与当时的国立北京大学、私立南开大学合组成国立西南联合大学。1949年1月10日，北平军管会文化接管委员会主任钱俊瑞到校，正式宣布接管清华大学。1955年，台湾清华大学设立在台湾省新竹市。台湾清华大学首设台湾清华大学原子科学研究所，1964年恢复大学部。2016年11月1日台湾新竹教育大学并入台湾清华大学。北京清华大学与新竹清华大学现双方合作MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程，并与厦门市三方共建“清华海峡研究院”，促进两岸学术及文化交流。
截止2019年11月，台湾清华大学共设有人文社会、理工、原子科学、生命科学、电机资讯、科技管理等10个教学院部。学校现有专任教师830人，兼任教师571人，职技人员782人。现有在校生16678人，其中学士班6601人，硕士班4914人，博士班1563人。为社会输送了大量人才，其中包括诺贝尔化学奖得主李远哲、中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所所长蒲慕明、原今日头条副总裁马维英、香港科技大学第四任校长史维等一大批杰出校友。
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