Simone中华人民共和国成立后，马明方任中共陕西省委书记、陕西省人民政府主席，西北局第三书记、西北行政委员会副主席、西北军区副政委等职。期间，他正确执行党的方针政策，从政权建设、土地改革到三大改造，取得了显著的成绩。
1954年8月，马明方调任中共中央副秘书长和中央组织部副部长，协助中央秘书长兼中央组织部长邓小平工作，以主要精力负责桐历冲中组部的常务工作。1956年1月，马明方任中共中央财政贸易工作部部长。局歼根据中央给财贸部门规定的任务，他着力抓了财贸部门的思想政治工作、党的基层组织建设和干部队伍的培养工作。1960年10月，马明方调任中共中央东北局第三书记，在东北工作之初，马明方针对当时粮食减产，人民生活困难的情况，提出烂裂要把安排好人民群众的生产和生活作为整风整社的重要内容。他还根据东北的实际，提出了安排好市场供应和生产责任制、自留地等发展农业生产的一些重要的意见。1965年11月，在营口官屯公社搞“社教”时，他根据调查了解的实际情况，向东北局提出了要肯定农村干部成绩，对错误要严肃批评，以团结为根本目的的报告。这一报告被东北局批转全区执行，减少了“四清”运动中的负作用。“文化大革命”中，马明方受到了林彪、“四人帮”的残酷迫害。1967年，以所谓“马明方叛徒案”被押解到北京，长期秘密关押。1974年8月13日，被迫害致死，终年69岁。
