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1935年，在日本帝国主义侵占了华北地区，进而准备侵占全中国的严重民族危机下，全国人民抗日救亡运动日益高涨，国民党政府的内外政策也发生了相应变化。1936年4月，潘汉年受中共驻共产国际代表团派遣，从莫斯科起程回国担任国共谈判联系人。
9月24日，潘汉年接受中共中央的委派，携带《中共中央致中国国民党书》和毛泽东致宋庆龄、章乃器、陶行知、沈钧儒、邹韬奋的信等文件离开陕北去上海。他将毛泽东的亲笔信和《中共中央致中国国民党书》的副本交给了宋庆龄、章乃器等人，向他们转达了党中央关于团结御侮的信息，取得了他们的密切配合和协助，并与他们建立了经常的联系，共同推动国民党政府抗战。10月中旬，潘汉年与国民党代表陈立夫会谈。潘向陈转达了中共关于《国共两党抗日救国协定》的八项条件。在谈判过程中，潘汉年严正批驳了陈立夫代表国民党提出的关于国共合作方面的苛刻要求，迫使陈立夫同意红军人数由3000改为3万，有力打击了国民党企图收编红军的阴谋，执行了党中央的谈判方针，维护了党和红军的利益。抗日民族统一战线建立后，潘汉年在国统区继续从事公开的统战工作。他在党内担任了中共上海工委的主要负责人，对外公开叫八路军驻上海办事处主任。潘汉年与上海各界知名爱国人士宋庆龄、沈钧儒、章乃器、陶行知、邹韬奋、郭沫若等都建立了良好的合作关系。上海沦陷前，中共中央指示潘汉年做好大部分爱国民主人士向内地撤退或向香港转移的工作。潘汉年从确定撤退对象，到交通工具的选择；从撤退秩序，到安排人员陪送，事无巨细，亲自过问。由于他细致周全的组织安排和指挥，宋庆龄、沈钧儒、邹韬奋、郭沫若等，均安全撤离上海。他自己也奉命转移到香港，并与廖承志一起建立了八路军驻香港办事处。1941年12月8日，中共中央致电周恩来、廖承志、潘汉年和刘少文，指示开展与英美等国人士建立广泛真诚的反法西斯统一战线工作，做好在香港的文化界人士和党的工作者的撤退工作。潘汉年担当了这项工作中的重要任务。经过各方面配合和几个月的努力工作，至1942年5月，从日军的严密封锁中撤退疏散了各方面人士800余名，其中包括宋庆龄、何香凝、柳亚子、陈济棠、茅盾、金仲华、夏衍、胡绳、张友渔、刘清扬、宋之的、杨刚、梁漱溟、邓文钊、胡风、蔡楚生等爱国民主人士、文化界知名人士和党的干部。此外，还安全护送了一大批国际友人到达内地或海外，接应了2000余名回国参加抗日的爱国青年。 随着人民解放战争的胜利发展，中国共产党领导的人民民主统一战线不断壮大。为了团结民主人士，争取中间势力，壮大革命力量，潘汉年根据党中央的指示，从上海来到香港，参与中共香港分局和中共华南局的领导工作，主持在港的统一战线等工作。1948年5月5日，各民主党派在香港发出响应中共中央《五一劳动节口号》的著名通电。8月1日，毛泽东复电各民主党派和无党派民主人士，对他们积极响应中共“五一”口号，表示“极为钦佩。潘汉年根据中共地下党刘人寿的报告，及时约请国民党资源委员会的主要负责人到香港见面，与他们进行了恳切谈话，鼓励他们争取起义，为祖国和人民立功。长期主持资委会工作的前委员长钱昌照，是在资委会系统有着重要影响和号召力的人物，他对蒋介石反动统治强烈不满，准备出国。潘汉年知道后，与张骏祥、夏衍等及时做他的工作，使钱终于下决心留了下来，为资委会成功起义作出杰出贡献。资委会采取了“人不走，机器不动”的拖延作法，对付国民党转移资委会财产的企图，最终在南京、上海解放时，资委会的大批技术人员、美援物资以及档案资料都没有被国民党转移走，完整地移交给了人民政府，为新中国的建设事业提供了宝贵的工程技术人才和物资。
刚刚解放的上海，人民政府的当务之急是恢复生产和稳定市场。针对当时许多工商界人士对中国共产党工商政策，对恢复生产和稳定市场有种种疑虑，潘汉年经常召集工商业界爱国人士一起开会或座谈，有时还亲自进行家访个别交换意见，以各种方式宣传和阐明党的城市政策和工商经济政策，倾听意见，沟通情况，并努力帮助工商界解决生产、经营上的困难。由于党的统一战线政策的正确，以及潘汉年广泛结交工商界朋友，深入细致、循循善诱地开展工作，帮助工商界人士解除了怀疑，增加了克服困难、恢复生产和经营的信心，使其感到吃了“定心丸”。
1950年2月新年、春节之际，上海遭到了美蒋反动派的大肆轰炸，人民生命财产和生活受到严重破坏，使工商业企业内部的各种矛盾和问题一齐爆发出来，其中一个尖锐的问题就是劳资关系紧张，劳资纠纷迭起。上海市政府要潘汉年和刘长胜负责处理劳资纠纷工作。潘汉年一方面通过工会组织说服工人，协助厂方克服暂时困难，纠正一些单位不正确的极端作法；另一方面，积极督促工商业者改善经营管理，实行精简节约。这样，及时排解了一场场劳资纠纷，调整了劳资关系，很快使生产和经营正常运转起来。 据李湄（廖梦醒之女，廖仲恺、何香凝外孙女）在《家国梦萦——母亲廖梦醒和她的时代》修订本中披露：潘汉年和妈妈很熟，1955年他突然以反革命罪被逮捕，其内情很长时间外界都不得而知。为什么毛泽东过去对潘汉年如此信任（毛泽东早年一本传记就是潘汉年题的书名！），后来却对他如此严酷。从一封1969年3月17日宋庆龄写给我妈妈的信中，以及宋庆龄1937年1月写给王明的那封信对照着看，可以就某些费解的事找到答案。
下面是宋庆龄致王明的信中引起人们注意的两段话（摘自2008年6月3日《作家文摘》邵雍、刘雪芹《解读宋庆龄致王明的密函》），当时宋庆龄已加入共产国际，王明是她的上级：
“一段时间以前，作为对毛泽东同志请求帮助提供资金的来信的答复，我在三个月前给他寄去了一笔款项，此事在这里只有一个人知道，他起了联络人作用，通过他，我收到了来信和转寄了钱款。（在同一篇文章里提到毛泽东在1936年通过潘汉年交了一封信给宋庆龄，宋庆龄收信后一个月请潘汉年转寄了那笔款。）”
“几周前，宋子文得到释放蒋介石的保证从西安回来后，想与我见面……当时宋子文问我：‘要是我告诉你，周恩来曾告诉我，不久前你给他们寄去了五万美元，你还会否认你的同志出卖了你吗？’”
在宋庆龄1969年3月17日寄给我妈妈的信里提及：
“潘汉年在被捕前半年把那笔款拿来给我，我以为他想利用我，便让隋同志（宋庆龄的警卫秘书隋学芳）把钱交去给许建国。隋告诉他，这笔款是潘汉年送来给我的，说是毛主席‘还的钱’。此人立刻把潘汉年从会场叫出来。潘汉年当着隋的面解释了这笔钱的来由。它不是还董‘为党需要’借去的钱，是还毛主席请我向宋子文借的钱。
“是王明从莫斯科发报来叫我不要再见董牧师了，而电报是董的女儿露西送来的！”
周恩来为什么把宋庆龄寄钱去的事对宋子文说呢？因为周恩来知道毛泽东曾请宋庆龄向宋子文借钱。向提供借款的人谈起借款不是很自然的吗？无非就是告诉借出款的人“钱已收到”而已。宋子文曾是国民党政府的财政部长，1936年虽然已辞去财政部长之职，但仍然被认为是中国最有钱的人之一。通过他姐姐向他借钱，应该是行得通的。那时共产党经过长征抵达延安不久，经济十分困难，才会想出此策。周恩来不会想到那笔款根本与宋子文无关。事实上，不仅周恩来，就连毛泽东大概也一直以为那笔钱是宋子文提供的。直到新中国成立后1954年潘汉年还钱给宋庆龄的时候仍称是偿还“毛主席请宋庆龄向宋子文借的钱”！宋庆龄没有意识到，引起这场误会的其实就是她自己。如果当年她直接告诉中共：款项不是宋子文提供的，这场误会就不会发生，也不会让宋子文有机会利用此事挑拨她和中国共产党的关系了。
宋子文的话对宋庆龄是起了副作用的。1954年潘汉年给她送去“毛主席还的钱”时，她以为潘汉年又想“利用”她，故而让隋秘书退还这笔钱——不是直接退给潘汉年，而是交给当时分管公安的另一位上海市副市长许建国。在许建国的追问下，潘汉年不得不当着许建国和隋秘书的面道出：“这是毛主席请宋庆龄向宋子文借的钱”。这个党内机密就这样泄露出来了，这自然不是毛泽东愿意看到的。半年后，潘汉年被捕入狱，导火线并不是这件事，但这件事是否也是他遭受厄运的一个促因呢？
宋庆龄给我妈妈的信里一再谈到的“董牧师”又是另一个误会。董是潘汉年的手下，一个以牧师身份作掩护的地下工作者，1933年潘汉年介绍他认识宋庆龄。之后延安方面告知董：需要用钱就向宋庆龄借。董数次到莫里哀路找宋庆龄，说需要经费维持几部电台。每次宋庆龄都尽可能满足他的要求，当然，用的是她私人的钱。“董牧师”一再要求资助引起宋庆龄不满。后来王明从莫斯科发电报给宋庆龄，叫她不要再见董了。也就是说，不要再给他资助了。董借去的钱一直没有还给宋庆龄。
其实“董牧师”要维持的不仅是几部电台。（宋庆龄与莫斯科的联络也是通过这几部电台，传送电报的人就是董的女儿露西。）董还要维持一个“大同幼儿园”，那里收容着一些革命后代，包括毛岸英、毛岸青等。后来幼儿园遭到解散，原因是国民党破坏还是经费不足就不得而知了。
