Simone乍看之下，蒋介石同时组建中统和军统，可谓双管齐下，不偏不倚。然而实际上，蒋介石枝链是有自己“小九九”的。深谙中国政治历史的蒋介石非常清楚，不论哪个政治组织，一旦势力做大，必将尾大不掉，届时就会对权力中枢造成极大威胁，因此制造平衡，就显得尤为必要。中统与军统同时存在，斗而不破，相互牵制，蒋介石居中调停，左右双方，便能坐收渔翁之利。正因为如此，中统与军统之间关系复杂，矛盾重重，一度势同水火。
蒋介石同时扶持中统和军统，目的是为了左右逢源，自然不希望他们争斗不休、内耗不断，因此在组建之初亲自出马，对他们的工作范围加以划定。
蒋介石规定，军队、军事院校、兵工厂及直属后勤的军需用品工厂，划归军统的工作范围；党、政、教育、经济、文化、一般民用工厂等等，则划归中统的工作范围。但是在实际中，他们的工作范围时有交叉，即便在蒋介石的要求下做了一些交接，但是并不彻底，各有保留，分工不仅没能划清界限，反而导致敌视态度有增无减。
20世纪40年代之前，中统及其前身得益于此前良好的发展基础，势力一度做大搏搭祥，国民党各级基层党组织几乎都是中统特务网的延伸，许多基层党部负责人本身就是中统基层负责人。蒋介石组建军统，也是出于对此问题的警惕。抗日战争全面爆发后，大片国土沦陷，中统的组织系统遭到严重破坏，地位开始下降，军统则趁势而起，地位不断提升。加之军统负责人戴笠为报答蒋介石知遇之恩，对蒋介石言听计从，蒋介石没有理由不重点扶持。
中统与军统之间的争斗，最具代表意义的是卢斌被杀事件。卢斌曾任黄埔陆军军官学校政治教官、中央农民运动讲习所教员、湖北省农民协会委员长、全国农民协会临时执委会常委、江西省委书记等职。1929年，他因参加“托陈取消派”而被开除党籍，1935年加入中统，后担任中统第三组组长。在被陈立夫派往山东之后，他利用时任山东省主席沈鸿烈的力量组织地方武装，并打压军统掌握的当地武装。1941年，军统反戈一击，将卢斌及其工作人员20余人全部杀死，震动中统高层。中统随即将此事上报蒋介石，蒋介石遂命令戴笠彻查。戴笠深知事关重大，罪名一旦被中统坐实，后果不堪设想。为了洗清罪责，戴笠诬陷此事为中国共产党领导的地方武装所为，将自己及军统的罪责推得一干二净基搏。虽然后来因为证据不足，此事不了了之，但是中统对与军统可谓恨之入骨，水火不容自然不可避免。
