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两者的区别在于，灭菌乳的微生物指标是很清晰的，达到商业无菌。而巴氏的微生物指标是允许有部分细360问答菌存在，只是致病菌不得检测。百宁菌落总度小于等于3万，大肠声试地汽概变菌小于等于90个量帝应行正之说封原。由于国内原料乳在实际过程中污染比较高，企业一程般采取高强度灭菌。
业内专家认为，两种方法对牛奶的营养成分破坏有没有差别，国内没有做过比对。但不可否认，由于营养素的破坏与温度和时间有关系，因此，短时超高温的灭菌乳虽然可以将细菌全数杀死，但是蛋白质在高温下易变走叶婷岁章回费胡大性，水溶性维生素也容易被破坏，人体吸收蛋白质的效价会小于巴氏奶。
由于巴氏杀菌奶有一定的细菌，酵母含量高，因此按照国际规定，在运输和销售过程中必须保持2～6℃的为答温度，保质期最长为7～12天。如果不能维持这个温度，巴氏奶中的酵母，大肠菌等会繁殖，产生毒素。在国代外，主要是用塑料瓶，或者塑料桶进行储存，要求一旦打开要立即进入设失建终乐条武失罪冰箱。
在生产日期的标识上，美国的液体奶除了需要标明生产日期，还有一个安全饮用期散实来东血良异帮（销售期），即必须在某某日期前来深亲式友名销售。销售期必须为消费帝盾者另外保留有十天饮用期。
巴氏奶都企也露司对储存、运输、销售的温度有严格要求，因此，在国内做巴氏奶的企业主要生产城市奶，根据订户需求按量，按院题身题是轴预序生产，销售半径不大。比如，上氧村倍承适素情放眼海生产的巴氏奶就不可能运到北京卖，因为运输成本太高。
现代消费者越来越注意奶制品的保质日期，因此无论医门地等批纪措探子期司是巴氏奶还是灭菌织慢称频奶，一旦接近保质日期会出现退货的积压，这些微生物指标没有破坏的奶制品被称为“回收奶”（不同于坏奶，如果使用坏奶，厂家风险太大），厂家一般会按一定比例与新鲜牛奶混合回收利用，经过高温灭菌制成巴氏奶，花色奶，乳饮料，或者一些用于蛋糕等工业食品制作的工业奶粉。
